میکروبیولوژی پزشکی؛ شاخه‌ای از میکروبیولوژی و پزشکی است؛که به مطالعه میکروارگانیسم‌هایی؛ که در پزشکی اهمیت دارند و قادر به ایجاد بیماری‌های عفونی در انسان هستند، می‌پردازد. [۱] میکروبیولوژی پزشکی، شامل مطالعه بیماری زایی(ساز وکاری که باعث ایجاد بیماری میشوند)،اِپیدمیولوژی(همه گیرشناسی) میکروبی می‌شود؛ که با مطالعه پاتولوژی(آسیب شناسی) و ایمونولوژی(ایمنی شناسی) بیماری‌ها نیز مرتبط است.
این شاخه از میکروبیولوژی از شاخه‌هایی است؛ که به‌طور گسترده مورد مطالعه قرار گرفته و به دلیل اهمیت فراوان آن در پزشکی، به چند شاخه تقسیم شده‌است.
همراه با ارائه دانش و درک عمیق از ماهیت پاتوژن٬ این سیر مطالعه در چندین نوآوری ایمونولوژیکی(ایمنی شناسی) در زمینه علوم پزشکی به کار گرفته شده‌است. به دلیل تلاش‌های دانشمندان و محققان در زمینه میکروبیولوژی پزشکی٬ از طریق توسعه واکسن در برابر ارگانیسم‌های مهاجم٬ بیماری‌های مرگبار و ناتوان‌کننده مثل آبله٬ فلج اطفال و سل٬ یا ریشه‌کن شده‌اند یا تا حد زیادی قابل درمان‌اند. میکروب‌ها مرتب در حال تکامل و تغییر هستند و هزاران نسل جدید را در هر سال تولید می‌کنند. به این ترتیب یک عدم تقارن در تکامل بشر و انگل‌ها و میکروب‌های آن پدید می‌آید؛ که تنها علاج آن تکامل دانش میکروبیولوژی پزشکی است.
